Skąd się wziął, jak niebezpieczny jest wariant SARS-CoV-2 Omicron i co to oznacza dla przyszłości pandemii koronawirusa?
We wtorek 9 listopada 2021 roku próbkę SARS-CoV-2 pobrano od zarażonego pacjenta w Botswanie. Analiza genomowa szybko ujawniła nowy wariant, początkowo nazwany B.1.1.529. Naukowcy z Republiki Południowej Afryki szybko wyśledzili pojawiający się wariant w wielu lokalnych prowincjach. Zostało to formalnie zgłoszone Światowej Organizacji Zdrowia 24 listopada 2021 roku, a dwa dni później Techniczna Grupa Doradcza WHO ds. Ewolucji Wirusa SARS-CoV-2 (TAG-VE) oficjalnie oznaczyła B.1.1.529 „wariantem obaw” (ang Variant of Concern, w skrócie VOC) – najwyższa kategoria alertu dla pojawiającego się wariantu koronawirusa.
Dlaczego nowy wariant nazywa się Omicron?
Na początku pandemii WHO uznała potrzebę prostego sposobu komunikowania pojawiających się wariantów SARS-CoV-2, więc zdecydowano, że nowe warianty będą nazywane literami alfabetu greckiego. Etykiety są wyznaczane przez TAG-VE – niezależny panel doradczy, który ocenia, czy dany wariant ma znaczenie dla zdrowia publicznego na świecie. Ostatnim wariantem z tego rodzaju etykietom był Mu – wykryty pod koniec sierpnia tego roku.
Co się stało z Nu i Xi?
Omicron jest trzynastym wariantem SARS-CoV-2, który otrzymał formalne oznaczenie WHO, ale został oznaczony 15 literą alfabetu greckiego. Oświadczenie WHO wskazuje, że zdecydowała się pominąć Nu i Xi – czyli 13. i 14. literę alfabetu greckiego, przenosząc nas do Omicronu jako najnowszej etykiety wariantu.
„Pominięto dwie litery – Nu i Xi – ponieważ Nu zbyt łatwo pomylić z angieslkim słowem „nowy” (ang. new), a Xi nie było używane, ponieważ jest to popularne nazwisko i najlepsze praktyki WHO dotyczące nazywania nowych chorób (opracowane we współpracy z FAO i OIE w 2015 r.) sugerują unikanie „obrażania jakichkolwiek grup kulturowych, społecznych, narodowych, regionalnych, zawodowych lub etnicznych” – stwierdziło WHO w niedawnym oświadczeniu.
Niektóre z definiujących mutacji między różnymi wariantami SARS-CoV-2 są wspólne, podczas gdy duża ich liczba jest nowa dla wariantu Omicron!
Dlaczego Omicron jest takim problemem?
Największą czerwoną flagą otaczającą Omicron jest sama liczba mutacji, które zgromadził ten wariant. Wirusolog Vinod Balasubramaniam z Monash University w Malezji, mówi, że mutacje obserwowane w Omicronie występują w regionach, które wcześniej powiązano ze zwiększoną przenośnością i ucieczką immunologiczną.
B.1.1529 ma 32 mutacje zlokalizowane w jego białku kolcowym, wyjaśnia Balasubramaniam. Należą do nich E484A, K417N i N440K, które są związane z pomaganiem wirusowi w unikaniu wykrycia przez przeciwciała. Inna mutacja, N501Y, wydaje się zwiększać zdolność wirusa do wchodzenia do naszych komórek, czyniąc go bardziej podatnym na transmisję. Inną ważną kwestią, na którą należy zwrócić uwagę, jest to, że większość głównych mutacji znajduje się w RBD [domenie wiążącej receptor] białka wypustek, dokładnej lokalizacji, w której wiążą się/celują przeciwciała ze szczepionek, innymi słowy, 32 mutacje wykryte w białku kolców nowego wariantu zmieni kształt tej struktury, co sprawi, że będzie to problematyczne dla odpowiedzi immunologicznej indukowanej przez szczepionki.
Jest jednak jeszcze za wcześnie, aby zrozumieć rzeczywisty wpływ Omicronu, ale wariant ten został powiązany z poważnym wzrostem liczby przypadków COVID-19 w prowincji Gauteng w RPA. Wskaźniki pozytywne (liczba przeprowadzonych testów w stosunku do liczby wykrytych pozytywnych przypadków) w tym regionie dramatycznie wzrosły z 1 procenta do 30 procent w ciągu ostatnich dwóch tygodni.
Lekarze z lokalnych obszarów, na których pojawia się Omicron, jak dotąd zauważyli, że wariant ten powoduje jedynie łagodną chorobę. Ale te początkowe infekcje zostały wykryte głównie w młodszych populacjach, które na ogół doświadczałyby jedynie łagodnego COVID-19, więc nie ustalono jeszcze, czy Omicron powoduje cięższe objawy kliniczne.
Skąd wziął się Omicron?
Szczególnie niezwykłym aspektem pojawienia się Omicron jest jego dziwnie wyizolowany rodowód genomowy. Sama dominacja wariantu Delta w ciągu ostatnich sześciu miesięcy skłoniła wielu naukowców do przewidywania, że jakakolwiek przyszłość dotycząca wariantów „prawie na pewno” pochodzi od Delty.
Jednak Trevor Bedford, badacz badający ewolucję wirusów, mówi, że Omicron nie wyłonił się z niedawnego wariantu. W rzeczywistości wydaje się, że najbliższym ewolucyjnym powiązaniem Omicronu jest szczep SARS-CoV-2 z połowy 2020 roku.
Ta wyjątkowo długa gałąź (ponad 1 rok) wskazuje na wydłużony okres obiegu w geografii o słabym nadzorze genomowym (z pewnością nie w RPA) lub ciągłą ewolucję u chronicznie zakażonej osoby, zanim rozleje się z powrotem do populacji – wyjaśnia Bedford na Twitterze w wątku analizującym profil mutacyjny Omicronu.
Dlaczego Omicron różni się od poprzednich oznaczeń wariantów?
Tym, co odróżnia pojawienie się Omicronu od wcześniej wykrytych wariantów SARS-CoV-2, jest to, jak wcześnie został zidentyfikowany. Wariant Delta został po raz pierwszy udokumentowany w październiku 2020 roku, zanim wzbudził zainteresowanie w kwietniu 2021 roku, a ostatecznie uzyskał etykietę VOC w maju po tym, jak naukowcy powiązali go z ogromnym wzrostem zachorowań w Indiach.
Alpha (początkowo określana jako wariant brytyjski) doświadczyła podobnej trajektorii, z miesiącami między wstępnym wykryciem a oznaczeniem LZO. W obu tych przypadkach świat powoli zauważył rozprzestrzenianie się niebezpiecznego wariantu SARS-CoV-2.
W przypadku wariantu Omicron, ze względu na niezwykle solidny charakter południowoafrykańskiego systemu nadzoru genomowego, wykryto nowy i nietypowy wariant SARS-CoV-2, zanim znacząco rozprzestrzenił się jeszcze na całym świecie. Niestety oznacza to również, że obecnie nie ma dobrych odpowiedzi na pytania dotyczące przenoszenia lub ciężkości choroby Omicron.
W wywiadzie dla The Washington Post dyrektor Narodowego Instytutu Alergii i Chorób Zakaźnych Anthony Fauci zauważa, że w tym momencie Omicron może być czymś od katastrofalnego do nieistotnego. A to sprawia, że trudno jest przekazać ludziom, jak bardzo powinni się martwić.
Może okazać się, że nie będzie to tak duże wyzwanie, jak Delta, ale może być też gorzej – mówi Fauci. Nie wiemy. To znaczy, taka jest szczera prawda. I dlatego bardzo trudno to przekazać. Nie chcemy wpadać w panikę. Ale nie chcemy też tego ignorować, jakby nie było potencjalnie poważnego problemu. Musisz więc przygotować się na najgorsze i mieć nadzieję, że wcale tak się nie stanie.
Bez względu na to, jakie będą dalsze wyniki badań, lekarze mocno rekomendują szczepienie – wciąż dominuje wariant Delta.
źródło: WHO – Światowa Organizacja Zdrowia |New Atlas | Covariants
Od 2005 roku zajmuję się komunikacją internetową i e-marketingiem, jestem pasjonatem urządzeń mobilnych oraz nowych technologii – i nie waham się ich używać.