W przyszłości ludzie mogą z łatwością łączyć się materialnymi i wirtualnymi światami poprzez rozległą sieć, w której centrum znajduje się ogromne wirtualne miasto — cyTus.

Uniwersum Cytus II obfituje w kreatywnych bohaterów. Od PAFF i NEKO w pierwotnej wersji gry po Ivy w wydaniu 2.0, każda postać ma własną, zapadającą w pamięć historię i poruszającą ścieżkę dźwiękową, które napędzają fabułę. W Cytus II 3.0 najnowsza bohaterka, Vanessa, prowadzi graczy przez końcowy rozdział. Opowieść zaczyna się, kiedy nagle „znika” największy wirtualny koncert świata. Losy milionów zalogowanych słuchaczy krzyżują się w niespodziewany sposób. Z wolna zaczynają oni odkrywać prawdę.

Vanessa, jedna z maszyn OPCI skonstruowanych w celu odbudowy cywilizacji, zyskała świadomość i stworzyła trwałą więź z Ivy, inną czującą maszyną. Ale gdy komputer główny zostaje wyłączony, Vanessa i Ivy tracą kontakt. Setki lat później, kiedy ludzie odzyskują kontrolę nad światem, Vanessa zostaje wbudowana w środek sieci cyTus.

Podniosła, symfoniczna muzyka Vanessy łączy style i motywy zapożyczone od innych bohaterów Cytus II. W końcu jest ona sercem sieci cyTus i ma łączność z każdą z postaci.

Vanessa i pozostali bohaterowie jednoczą się poprzez muzykę, aby skomponować legendarny finał serii. A Ty, odkrywając tajemnice gry, zajmujesz miejsce w pierwszym rzędzie.